De techniek van het maken van kōji is al in de derde eeuw na Christus vanuit China naar Japan gekomen, waar de techniek werd gebruikt om een rijstewijn (huangjiu) te maken en azijn, wat men bittere rijstewijn noemde. Sedert de 13e, 14e eeuw beschikte men in Japan over de techniek om koji-starter te maken, de gedroogde schimmelsporen waarmee de rijst besprenkeld werd.

In de vroege Muromachi periode (1336-1573) werden de jinnin die in de schrijnen werkten, vrijgesteld van belastingen op het maken van koji. Zij vormden een unie in Kyōto, de kōji-za genaamd, die de productie en de verkoop van kōji monopoliseerde.

De commerciële productie van kōji bestaat pas sinds ongeveer 1860. Men schat dat er in heel Japan zo'n duizend mensen werkzaam zijn in de kōji-industrie.

Er zijn vier soorten koji:

• Ki-kojikin - gele kōji
• Shiro-kojikin - donkerbruine kōji
• Kuro-kojikin - zwarte kōji
• Beni-kojikin of Katsuobushi-kin - donkerrode kōji

Alle zijn Aspergillus-koji's, met uitzondering van Beni kōji, waarbij de Monascus purpureus wordt ingezet. Deze rode rijst-kōji wordt in China hong qu genoemd. Rode kōji wordt vooral als kleurstof gebruikt en als natuurlijk conserveringsmiddel.

Deze kōji is essentieel voor de bereiding van voedingsmiddelen zoals miso, mirin en amazake, maar wordt ook gebruikt om ingelegde groenten te maken (tsukemono). Een andere populaire product van kōji is shio-kōji, een umami-rijke saus die kan worden gebruikt in plaats van zout, en een besparing op zout geeft van meer dan 60%.

Bij de fermentatie van kōji wordt gebruik gemaakt van de eigenschap van de Aspergillus oryzae (koji-kin) om eiwitten af te breken en daar aminozuren van te vormen, waaronder glutamaat. Glutamaat, ook bekend onder de naam ve-tsin, is verantwoordelijk voor umami. In het procedé wordt gebruik gemaakt van een koji-starter, die op zijn Japans tane kōji heet, wat letterlijk koji-zaad betekent.

Het type kōji is bepalend voor de producten die men er van kan maken. Daarbij is het lastig om vast te stellen om welke schimmel het gaat, door het grote aantal namen dat wordt gebruikt. Zo zouden de meeste soortnamen die de ronde doen terug te voeren zijn op drie soorten, de Aspergillus luchuensis, de Aspergillus niger en de Aspergillus tubingensis. Aspergillus awamori, Aspergillus kawachii, Aspergillus inuii, Aspergillus nakazawai en Aspergillus coreanus zouden synoniemen zijn van eerstgenoemde, de luchuensis.

De gele kōji (het oryzae-type) wordt gebruikt bij het maken van sake. Dit type is temperatuurgevoelig en instabiel, waardoor de momori snel kan verzuren. Vooral in het warmere zuidwesten (Kyūshū) is de gele kōji daarom geen optie.

De zwarte kōji (het wamori-type genoemd), die karakteristiek is voor Okinawa, wordt onder meer gebruikt om awamori te maken. Maar wordt net als de natuurlijke witte mutant uit de Taishō periode (het kawachii-type) gebruikt voor het maken van shōchū, een laag acoholisch distillaat. Dat gebeurt vooral op het eiland Kyūshū.

Deze kōji wordt gemaakt van volkoren gerst met sporen van de Aspergillus oryzae. De gedroogde gerstekōji is een product dat tot stand komt door de fermentatie na 48 uur door droging te stoppen. Gerstekōji wordt gebruikt voor het maken van mugi-miso, amazake en pickles.