De protomedici vervulden een sleutelrol bij de instelling van gezondheidsbeleid in de Nieuwe wereld naar Spaanse maatstaven. Hiertoe was het Tribunal del Protomedicato belast, dat in 1477 was opgericht. Felipe II voerde in 1588 en 1593 belangrijke hervormingen van dit hof door, wat leidde tot de vorming van een nieuw Tribunal del Protomedicato en la Nueva España.

Aanvankelijk zag het Tribunal in de eerste plaats toe op de deskundigheid van beoefenaren van het vak, vervolgde het charlatans en deelde het boetes uit aan degenen die niet geautoriseerd waren het beroep van natuurkundige, chirurg, apotheker of kruidkundige uit te oefenen. Een heel breed spectrum dus.

Pas toen de Spanjaarden hun nieuwe instituten in de Nieuwe wereld gevestigd hadden, verschenen de protomedici ten tonele, die toezagen op de vormgeving van de medische infrastructuur vanuiut Mexico stad, de hoofdstad van het onderkoninkrijk Novohispana.

Veel protomedici die de oversteek maakten, hielden zich (ook) bezig met de medische botanie. Zoals Francisco Hernández de Toledo, die in Spanje bekend was geworden van zijn Castilliaanse vertaling van de Naturalis Historia van Pinius de Oudere. Hij voerde tussen 1571 en 1577 diverse expedities uit, waarbij zo'n drieduizend Mexicaanse planten documenteerde. Daarvoor werd hij vergezeld door een team schilders. De resultaten van zijn werk werden aanvankelijk niet gepubliceerd, maar na zijn overlijden in 1587 is zijn uitputtend werk in 1615 en 1651 toch gepubliceerd. De laatste, Nova plantarum geheten, is in Rome uitgebracht.