De monosachariden worden geschakeld door middel van stikstof- of zuurstof-koppelingen, glycocide-bonds genoemd. Op grond van hun samenstelling worden vier soorten oligosachariden onderscheiden:

• fructo-oligosacharide (FOS), opgebouwd uit fructose-moleculen,
• galacto-oligosacharide (GOS), opgebouwd uit galactose-moleculen,
• gluco-oligosacharide, opgebouwd uit glucose-moleculen, en
• mannaan-oligosacharide, opgebouwd uit moleculen mannose.

Fruct-oligosachariden worden gerekend tot de prebiotica, de verzamelnaam voor stoffen die de groei van bepaalde soorten bacterieën in ons lichaam bevorderen; inuline en pectine bijvoorbeeld. Prebiotica worden niet door ons lichaam afgebroken en opgenomen, maar worden afgebroken door bacterieën in de dikke darm. Daarbij worden korte-keten vetzuren gevormd die belangrijk zijn voor de geondheid van de darmwand.

In de vezels van sommige planten worden oligosachariden aangetroffen in de vorm van fructo-oligosachariden (FOS) naast de polysacharide inuline. In tarwe, cichorei (lof), asperges, prei, uien, de Jeruzalem-artisjok en in hoge mate yacón.

Galacto-oligosacharide komt van nature voor in peulvruchten en melk. Deze sacharide verteren we niet, maar deze stimuleert bepaalde bacteriën in de dikke darm, en wordt daarom als prebioticum aan baby-voeding toegevoegd.

Mannaan-oligosacharide wordt vaak toegepast als natuurlijk voedingssupplement. Het wordt hoofdzakelijk verkregen uit de celwand van een gist, de Saccharomyces cerevisiae. MOS, de afkorting van deze sacharide, remt salmonella-infecties.