De methode waarmee de udon gemaakt wordt, is sterk verwant aan die van de Chinese zhong jiang noedel, en overwegend handwerk. Hier is in japan een woord voor: tenobe, wat met de hand getrokken betekent. De udon is wel iets dikker dan de gemiddelde Chinese noedel. Ook andere udons worden met deze techniek gemaakt, waarvan de belangrijkste naast deze gotō, de inaniwa en de Himi zijn. Ook de Hōtō behoort tot dit type noedel.

Voor de gotō udon wordt behalve bloem van lokale tarwe ook een lokale olie gebruikt. Deze olie wordt gemaakt van de hier verbouwde tsubaki (Camellia oleifera). Het wordt wel de thee-olie genoemd.

Ooit waren de eilanden een belangrijke tussenstop voor de handel vanuit Japan met China gedurende de Tang-dynastie in de negende eeuw.

Behalve daardoor staat de geschiedenis van Gotō vooral in het teken van het Christendom in Japan. In de 16^e eeuw beijverden de Portugezen zich om de Japanse bevolking tot het Christendom te bekeren. Tijdens de Edo-periode (1603-1868) werden de Portugezen om hun bekeringsdrift uit Japan verbannen, maar waren ook bekeerde Japanners hun leven niet veilig. Tijdens het Tokugawa Shogunaat in 1614 werden de Christenen vervolgd en velen gekruisigd, met naar schatting 200.000 slachtoffers.

Velen hielden zich verscholen, onder andere een grote groep christenen, die vanuit Nagasaki toevlucht zocht op de Gotō eilanden en daar onder het mom van het boeddhisme hun geloof bleven belijden. De groep telde aan het einde van de achttiende eeuw vermoedelijk 3.000 mensen.

Pas toen ruim 250 jaar later de ban onder het Meji-bewind werd opgeheven, kwamen de bewoners van de eilanden (in 1865) naar buiten met hun geschiedenis. Nog altijd is ruim een kwart van de bevolking van 20.000 zielen Christen, en zijn de eilanden tientallen kerken en christelijke objecten rijk. Een groot deel van deze infrastructuur, veertien objecten betreffende, is in 2015 voorgedragen om op de Unesco lijst met werelderfgoed opgenomen te worden.