De volgroeide zwartmoeskervel beschikt over een fiks wortelsysteem, waarvoor de aanzet wordt gemaakt in het eerste groeiseizoen. De dan nog smalle penwortel bevat de voedselreserves voor het volgende seizoen, waarin de plant zal bloeien en zaden zal vormen. De wortel ontwikkelt zich aanvankelijk verticaal, en kan een halve meter lang worden. Door de accumulatie van reserves wordt de penwortel eerst van boven breder, zo dik als de menselijke pols. Tijdens de eerste zomer ontwikkelen zich vervolgens vertakkingen, waarvan de dikste in de diepte groeien, de dunne worteltakken zich ondiep uitstrekken in de bovenste bodemlaag.

De wortels oogst je bij voorkeur voordat ze vertakken. Maak de wortel voor gebruik goed schoon, en schil hem vervolgens. De bereidingswijze is als die van pastinaak en peterseliewortel.

Benamingen in diverse talen